Według Nowego Testamentu Jan Chrzciciel urodził się pół roku przed Jezusem z Nazaretu w wiosce Ain Karim. Był synem żydowskiego kapłana Zachariasza i Elżbiety, która była krewną Marii z Nazaretu. Jego narodziny zapowiedziane były jako dowód prawdziwości zapowiedzi przez Archanioła Gabriela Marii w czasie zwiastowania, a także przepowiedziane były jego ojcu przez anioła w Świątyni Jerozolimskiej.
W dość młodym wieku Jan, zapewne po śmierci podeszłych wiekiem rodziców, zrezygnował z możliwości zostania kapłanem i rozpoczął życie pustelnika na Pustyni Judzkiej, gdzie prawdopodobnie zetknął się z esseńczykami. Na pustyni został powołany na proroka, a jego głównym zadaniem stało się wzywanie ludzi do nawrócenia oraz przygotowanie drogi do publicznej służby Mesjasza. Głosił potrzebę nawrócenia wewnętrznego i odnowy duchowej ludzi. Symbolem tego przygotowania był chrzest udzielany przez proroka słuchaczom jego nauk w rzece Jordan.